Sinds 1994 is de gemiddelde kwaliteit van veel typen natuur achteruitgegaan, zo blijkt uit langlopend onderzoek, maar in bos en halfnatuurlijke graslanden is geen sprake van een significante daling.
Metingen laten zien dat vanaf 1994 de kwaliteit van verschillende ecosysteemtypen afneemt. In moerassen stabiliseert de kwaliteit zich de laatste jaren, na een forse afname. In heide- en duingebieden neemt de kwaliteit geleidelijk af. In bossen en natuurlijke graslanden is geen sprake van een significante afname.
Uit deze monitorgegevens blijkt dat de trend voor de ontwikkeling van de natuurkwaliteit in alle ecosystemen negatief is. De metingen geven bovendien aan dat de natuurkwaliteit lager is dan in intacte ecosystemen het geval zou zijn. De kwaliteit van de verschillende ecosysteemtypen ligt rond de 40% in vergelijking met intacte systemen.
Achteruitgang
Waardevolle natuur is vooral te vinden in Natura 2000-gebieden en overige natuurgebieden van de Ecologische Hoofdstructuur (EHS). Maar ook buiten deze natuurgebieden komen natuurwaarden voor. Behoud van natuurwaarden is een van de doelen van het overheidsbeleid voor natuurbescherming. Via provincies verstrekt de overheid subsidies voor uitvoering van dit beleid in de EHS-gebieden. Om het effect van dit beleid te meten, voert de overheid onderzoek uit.
Sinds 1990 zijn de milieu- en watercondities in natuurgebieden verbeterd, maar duurzame niveaus zijn nog niet bereikt. Doordat milieu- en ruimtecondities niet optimaal zijn is de kwaliteit van natuur laag en is vaak zelfs sprake van verdere achteruitgang. De precieze oorzaken van achteruitgang verschilt per ecosysteemtype.
Redenen van achteruitgang van natuurkwaliteit zijn divers. In Nederland bedreigen vooral vermesting, verzuring, verdroging, de slechte waterkwaliteit en het gebrek aan ruimtelijke samenhang het behoud van intacte ecosystemen.